Eigenschaften generisches Atom

Die Eigenschaften des generischen Atoms werden zur Beschreibung der an funktionelle Gruppen gebundenen unbekannten Reste benötigt. Diese Reste werden durch ein generisches Atom repräsentiert. Die Eigenschaften dieses Atoms beschreiben die chemische Umgebung der funktionellen Gruppe mit der Hilfe folgender Parameter:

Parameter die den Wert 0 haben werden ignoriert! Alle Parameter des Dialogs die den Wert 0 haben werden ignoriert.

Verbindungen (Connections)

Verbindungen(Connections)

Gibt die Gesamtzahl an Nachbaratomen oder -gruppen im Bezug auf das generisches Atom an.

Beispiele:

 

Zahl der Verbindungen:               4                                      3

Hier wird der an eine Carbonsäure gebundene Rest R durch eine Methylgruppe bzw. Ethenylgruppe ersetzt. Die Doppelbindung der Ethenylgruppe verringert die Zahl der Verbindungen um einen Zähler.

Explizite Verbindungen

Gibt die Zahl der Nachbaratome des generischen Atoms an, allerdings ohne Berücksichtigung der impliziten Wasserstoffatome.

Beispiel:

Zahl der expliziten Verbindungen:   3                                        2

Werden Wasserstoffatome ausdrücklich gezeichnet, gehen diese in die Zahl der expliziten Verbindungen mit ein. Andernfalls werden diese ignoriert.

Valenz

Die Valenz legt die Bindungsordnung des direkt an die funktionelle Gruppe gebundenen Atoms fest.

• Einzelbindung = 1

• Doppelbindung = 2

• Dreifachbindung = 3

Allgemein

Dieser Abschnitt bietet folgende Einstellungen:

Aliphatisch

Gibt an, ob der Rest aliphatisch ist. Wird ignoriert falls auf 'false' gesetzt.

Aromatisch

Gibt an, ob der Rest aromatisch ist. Wird ignoriert falls auf 'false' gesetzt.

Atomschema

Das Atomschema ist die wichtigste Einstellung dieses Dialogs. Einzelne Atome oder komplette Reste können mit Hilfe der SMILES und SMARTS Nomenklatur beschrieben werden. Einzelheiten finden Sie im Kapitel "SMILES und SMARTS Nomenklatur". Hier kann ein logischer Ausdruck der die chemische Umgebung beschreibt eingegeben werden. Falls nötig,  können auch Ausdrücke eingegeben werden die vollständige Molekülfragmente beschreiben. Das hier eingegebene Atomschema setzt alle anderen Einstellungen des Dialogs auğer Kraft.

Beispiel:
Atomschema: *&A; C; !N; !S; !O; !$(C(=O))

*&A bedeutet: der Rest kann ein beliebiger aliphatischer Rest sein.

Das Trennzeichen ";" fungiert als logischer UND Operator.

C bedeutet: das unmittelbar nächste Atom muğ ein aliphatisches Kohlenstoffatom sein.

!N bedeutet: das unmittelbar nächste Atom darf KEIN aliphatischer Stickstoff sein.

!O bedeutet: das unmittelbar nächste Atom darf KEIN aliphatischer Sauerstoff sein.

!S bedeutet: das unmittelbar nächste Atom darf KEIN aliphatischer Schwefel sein.

!$(C(=O)) bedeutet: die Nachbargruppe ist keine Carbonylgruppe, folglich wird folgende Substanzklasse ausgeschlossen:

Ladung

Gibt die gesamte positive oder negative Ladung des generischen Atoms an. Wird zur Definition von Ionen oder Salzen verwendet.

Angezeigter Name

In der Chemie werden für bestimmte Reste definierte Abkürzungen verwendet (siehe unten). Eine Anpassung ist nicht unbedingt erforderlich, hilft aber bei der schnellen Erkennung des Restetyps:

• R, R', R'', R''', ... = beliebige Alkylgruppe

• Ph =Phenylgruppe

• Ar = aromatischer Rest

• G = beliebiger aliphatischer oder aromatischer Rest ohne Einschränkung.

Wasserstoff

Dieser Abschnitt bietet folgende Einstellungen:

Gebundene Wasserstoffe

Gibt die Zahl der gebundenen expliziten Wasserstoffatome des generischen Atoms an. Darf nicht gröߟer als die Valenz sein.

Implizite Wasserstoffe

Gibt die Zahl der impliziten Wasserstoffe an.

Beispiel:

Soll eine Methylengruppe (CH2) als generische Atom definiert werden, ist Zahl der impliziten Wasserstoffatome gleich 2.

Ringe

Dieser Abschnitt bietet folgende Einstellungen:

Ringzugehörigkeit

Gibt an, Teil wie vieler Ringe das generische Atom ist. Wird zur Definition von Brückenatome z.B. in Bizyklen verwendet.

Beispiel:

Die Brückenatome in Norbornan sind Teil zweier 5-gliedriger Ringe.

Minimale Ringgröߟe

Definiert die minimal erlaubte Ringgröߟe falls das generische Atom Teil eines Rings ist. Die Ringgröߟe entspricht der Anzahl der Atome in einem Ring. Ist das generische Atom Teil eines gröߟeren Rings als dem hier definierten, dann wird es berücksichtigt. Andernfalls wird es ignoriert.