Generell ist das Erstellen von Molekülstrukturen in externen Editoren
recht einfach. Moleküle zur Verwendung in funktionellen Gruppen sind jedoch
etwas schwieriger zu erstellen.
Es wird ein externer Moleküleditor benötigt!
Eine beliebige kostenlose oder kommerzielle Anwendung die Dateien im
*.mol Dateiformat speichert kann verwendet werden.
Funktionelle Gruppen sind Bestandteile dieser Moleküle. Aus der Sicht
der funktionellen Gruppe ist diese ein Molekülrest. In der Datenbank der
Interpretationsregeln werden diese Molekülfragmente zur Identifikation
einer funktionellen Gruppe in einem analysierten Molekül verwendet. Zu
diesem Zweck muss der Molekülrest an den ein bestimmtes Molekülfragment
gebunden ist sehr genau definiert werden, um die chemische Umgebung genau
abzugrenzen.
Beispiel:
Unten ist eine Carbonsäure gezeigt, die an einen beliebigen Molekülrest
gebunden sein kann:
In der Definition der entsprechenden funktionellen Gruppen müssen Molekülfragmente
zugewiesen werden. Weiterhin muss der unbekannte Molekülrest (dargestellt
durch das Fragezeichen) genauer definiert werden. Dies ist nötig, um z.B.
aliphatische Carbonsäuren von aromatischen Carbonsäuren unterscheiden
zu können. Im Falle der aromatischen Carbonsäure muss der Rest eine aromatische
Verbindung sein und darf auf keinen Fall eine aliphatische Vebrindung
wie z.B eine Alkylgruppe sein. Folglich werden die Reste (Fragezeichen)
als generischen Atome mit speziellen Eigenschaften angesehen. Diese Eigenschaften
werden im Dialog Atomeigenschaften definiert (siehe unten).
Arbeitsablauf zur Erstellung eines Moleküls für eine funkt. Gruppe
Um ein Molekül zu erstellen, führen Sie bitte die folgenden Anweisungen
durch:
Öffnen Sie den
externen Struktureditor und zeichnen Sie die funktionelle Gruppe.
Ersetzen den undefinierten Rest durch ein R Atom.
Beispiel:
Molekülfragment Carbonsäure
Speichern oder
exportieren Sie das gezeichnete
Molekül (*.mol oder *.sk2).
Wählen Sie den
Zweig der funktionellen Zielgruppe in der Baumansicht des Regel-Designers.
Ziehen Sie die Moleküldatei (*.mol oder *.sk2) aus dem
MS-Windows Explorer auf die Spektrenansicht innerhalb des Regel-Designers:
Doppelklicken
Sie mit der linken
Maustaste auf das R Atom
des Moleküls um die Eigenschaften des generischen Atoms einzustellen.
Der Dialog "Eigenschaften generisches Atom"
wird geöffnet. Hier können die Atomeigenschaften des generischen Atoms
im Sinne der SMILES und SMARTS Nomenklatur angepasst
werden. Einzelheiten finden Sie im Abschnitt "Eigenschaften generisches Atom".
Schließen Sie
den Dialog nach erfolgter Bearbeitung durch Klick auf den Button.
